A víz természeti és társadalmi jelentősége közismert, ugyanakkor mind Európában, mind szerte a világban tapasztalható a rendelkezésre álló vízkészletek fogyása és drasztikus mértékű minőségromlása. E veszélyeket felismerve született meg az Európai Unió Víz Keretirányelve, ami fő célkitűzésként a vizek jó ökológiai állapotának megőrzését, ill. annak visszaállítását fogalmazta meg a tagországok felé, állapotfelmérő és monitorozó tevékenységek kötelező elvégzésének hozzárendelésével.
A vizeket veszélyeztető tendenciák hazánkban fokozottan érvényesülnek, hiszen ún. „alvízi országként” – a hazánkban átfolyó vízmennyiség 90%-a külföldről származik – egyszerre jelentkezik nálunk az árvíz, az aszály, s a vízszennyezések legkülönbözőbb formája, mely veszélyhelyzetekhez sajnos egyre inkább hozzásorolhatók a klímaváltozás okozta egyre nyilvánvalóbb változások is. A hidrobiológia az egyik olyan stratégiai diszciplína, amely hozzájárulhat a környezetrombolás, a felszíni és felszín alatti ivóvízkészlet szennyeződésének, az élőhelyek degradálódásának, az élővilág elszegényedésének megakadályozásához, valamint a klímaváltozás vizeinket érintő hatásainak nyomon követéséhez és kivédéséhez. A hidrobiológus mesterszak elvégzésével megszerzett ismeretanyag hasznosítható lesz minden olyan vizekkel kapcsolatos tevékenység esetében, ahol a vízi élőlényeknek, a vízi ökológiai rendszereknek, illetve az azokra való hatásoknak a víz, vagy a felhasználók szempontjából jelentősége van.A Természettudományi és Technológiai Karon kialakított mesterszakon a kar oktatóin túl az agrár, orvosi és jogi képzési területek helyi szakemberei is oktatni fognak, hozzájárulva a hallgatók multidiszciplináris nézőpontjának kialakításához. A 2003-ban alapított Hidrobiológiai Tanszék nemzetközi elismertségéhez a szakalapításon túl az is hozzájárul, hogy az egyetem és a város vezetőinek, valamint az országos szakmai testületeknek a támogatásával elnyerték a háromévente megrendezendő, Congress of the International Association Theoretical and Applied Limnology világkongresszus 2013-as rendezési jogát.